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纳滤和反渗透膜的性能主要由水通量(透过速度)和脱盐率(分离效果)来决定。水通量和脱盐率通常受操作压力、浓度、温度、流量、pH值等几点因素的影响。
操作压力的影响
水通量的增加与压力成正比。理论上说，如果为了得到足够产水量，在不增加膜面积的情况下，只需要增加进水的压力即可。但是在实际的运行中，这必然带来能源的大量消耗。因此，选择适当的膜元件数量才是经济实惠的选择。
给水流量的影响
给水流量对产水量和脱盐率同样存在影响，只是这种影响比较缓和，并不剧烈。随着给水流量的增加，膜表面的流速也增大了，这使得压力随之增大，同时由于流速的升高减少了膜表面的浓差极化，从而提高了脱盐率。
给水含盐量的影响
在一定的压力下，当给水中的含盐量增高时产水量就会减少，这是因为给水的渗透压变高，有效压力随之降低的缘故。脱盐率受含盐量影响也非常大，对于除海水淡化膜以外的反渗透膜来说，通常当含盐量增高时脱盐率会下降。当进水含盐量在非常低的一个范围时，随着含盐量的增加，脱盐率会稍许增加。海水淡化反渗透膜元件不同，由于海水淡化反渗透膜更加致密，在给水含盐量高时，脱盐率会下降得非常缓慢。
温度的影响
温度对脱盐率和产水量的影响非常大。对全部类型的反渗透膜元件来说，当温度升高时，由于水的粘度降低，产水量也随之增加。通常在相同的压力下，温度每上升或下降1℃，产水量可增大或降低3-4%。另一方面温度对于脱盐率的影响根据膜材质的不同而表现的大相径庭。这是由于当温度上升时，盐的扩散速度就会增大。
回收率
回收率是指产水量和进水流量的比值。在压力一定时，回收率提高，膜表面的浓差极化现象也更加严重，有效压力则相对减小，这导致产水量下降，脱盐率降低。反渗透系统在设计和调试时，选择回收率的确定与原水水质密切相关。回收率增高，溶解于溶液中的盐会更加接近饱和状态，有可能析出后在膜表面沉淀并结垢，会对膜性能带来很大的危害。
pH值的影响
pH值对纳滤和反渗透膜元件的影响有两个方面，第一：正常运行时对脱盐率的影响:第二：清洗时不同pH值的清洗效果以及清洗时pH值的范围。通常来说，正常运行时的pH值应该接近中性，即pH值7左右。这是由两个因素决定的，反渗透膜在pH值7.5 - 7.8时脱盐率最高。总之，过高或过低的PH值会加速膜元件分离层的老化，降低膜元件的寿命。
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